执业西药师证考后五年未领取会作废。《关于启用新版专业技术人员职业资格证书的通知》中提到，各级考试考务机构应尽到告知义务，通知考生按要求及时领取资格证书及《资格考试合格人员登记表》未按时领取的，由相应考试考务机构代为保管；考试结束满五年仍未领取的，由省人力资源和社会保障厅回收，《资格考试合格人员登记表》按相关规定统一销毁，资格证书统交人力资源社会保障部指定证书印制企业销毁。
考试通过并且资格审核通过的考生，应关注当地执业药师证书领取通知，及时领取执业药师证书，避免执业药师证书作废，否则执业西药师就白考了。