执业西药师证书领取后首次注册有两种情况：一、网上全程办理；二、网上申报，窗口办理。两种注册情况的流程不同，具体如下：
网上全程办理流程：申请人登录http://zyys.sfda.gov.cn【药品监督管理总局执业药师注册平台】→网上填写个人基本信息→将材料扫描上传进行网上申报→打印注册申请表→网上提交注册申请。
网上申报，窗口办理流程：申请人提出注册申请→注册机构受理出具受理证明→审核申请材料→复审申请→许可决定签发注册证书→送达。
执业西药师首次注册材料如下：
1、《执业药师首次注册申请表》。按照要求填写信息后，打印盖章。
2、营业执照复印件（加盖执业单位公章）。
3、县级（含）以上医院出具的本人6个月内的健康体检表复印件（加盖执业单位公章）。
4、《药品经营许可证》或《药品生产许可证》或《医疗机构执业许可证》复印件（加盖执业单位公章）。
5、《执业药师资格证书》原件。
6、《执业药师继续教育学分证明》原件。