副部级大学一共有31所，分别是：清华大学、北京大学、北京师范大学、中国人民大学、北京理工大学、北京航空航天大学、中国农业大学、复旦大学、上海交通大学、同济大学、南开大学、天津大学、西安交通大学、西北工业大学、西北农林科技大学、南京大学、东南大学、武汉大学、华中科技大学、重庆大学、大连理工大学、吉林大学、山东大学、哈尔滨工业大学、中南大学、中国科学技术大学、厦门大学、中山大学、浙江大学、四川大学和兰州大学。
材料补充：
副部级大学是中央直管高校的民间俗称，简称中管高校，即中国共产党中央委员会直接管理的高校。一般来讲，中管高校的高层领导由中共中央、国务院联合任命，而非由国家部委或省级人民政府任命。中管高校的党委书记、校长职务均列入《中共中央管理的干部职务名称表》，为中管干部。中管高校党委书记、校长均为副部长级。
一般地，国内公立普通本科高校都是正厅级单位。其中一些高校由于自身实力得到中央认可，其党委书记和校长高配为副部级，由中共中央直接管理。