东京大学和京都大学的区别为：
1、专业设置侧重不同：东京大学的各个专业发展齐全，设置的专业综合性强，主要包括法学、医药、工程、信息、科学、农业、经济学、艺术与科学。而京都大学是一个偏向于理科的学校，设置专业主要有理学、法学、医学、工学、农学、经济学。
2、学校地理位置不同：东京大学的主校区坐落于东京都文京区，而京都大学的本部位于日本京都市左京区。
3、学校创建时间不同：东京大学诞生于1877年，京都大学起源于1861年。
材料补充：
1、东京大学简称东大，是一所综合性国立大学，为日本文部科学省超级国际化大学计划A类学校、日本学术研究恳谈会、指定国立大学、卓越研究生院计划、领先研究生院计划，国际东亚研究型大学协会、亚洲大学联盟、全球大学校长论坛、日瑞Mirai等组织成员。
2、京都大学简称京大，是一所综合研究型大学，为日本文部科学省超级国际化大学计划A类学校、指定国立大学、学术研究恳谈会、旧帝国大学、东亚研究型大学协会成员。