制药工程专业主要就业方向是：药品的创新性研究、药物新产品开发、国内外制药新技术的转化、产品的技术改造、医学研究和质量控制，或者报考生物技术、药学及相关专业的研究生。药物工程专业的学生毕业后可到制药工程（或医药生物技术）领域相关的生产企业、营销企业、科研院所、药品监督管理部门、事业单位从事药品生产、管理、营销、检验监督和研发工作。
材料补充：
制药工程专业的考研方向分为五大类，具体介绍如下：
1、药物化学。药物化学属于药学的二级学科，本专业是培养能在科研与开发生产领域从事药物合成、药物设计和功能基因药物的研究，药品监督和管理的高级专业人才。
2、化学工程与技术。化学工程与技术专业拥有化学工程与技术及分析化学、高分子化学与物理、材料物理化学等相近学科。化学工程与技术专业主要研究方向是：现代传质理论与分离工程、生物信息学与生物化工、新型催化材料与反应工程、绿色化学新工艺与产品工程、能源化工和环境化工、材料化工、现代过程系统工程等。
3、药学。药学专业培养具备药学学科基本理论、基本知识和实验技能，能在药品生产、检验、流通、使用和研究领域从事鉴定、药物设计、一般药物制剂及临床合理用药等方面工作的高级科学技术人才。
4、中药学。中药学专业培养具备中药学基础理论、基本知识、基本技能以及与其相关的中医学、药学等方面的知识和能力，能在中药生产、检验、流通、使用和研究与开发领域从事中药鉴定、设计、制剂及临床合理用药等方面工作的高级科学技术人才。
5、其他。各院校培养的制药工程专业学生在知识上为宽口径，因此学生可结合自身情况跨专业考研。