南方医科大学是算名牌大学的，而且是广东省高水平大学重点建设高校中唯一的医学院校，校内学科覆盖医学、理学、工学、文学、管理学、法学、经济学等7大学科门类。
南方医科大学什么档次南方医科大学属于国内排名比较靠前的医学院校，综合实力处于国内中上游水平，比很多985、211院校还要强。2017年第四轮学科评估，B+档的学科有3个，分别是基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合；B档的学科有4个，分别是生物医学工程、临床医学、药学、护理学；C-档的学科有2个，分别是中药学、口腔医学。
南方医科大学是广东省高水平大学重点建设高校中唯一的医学院校，也是全国首批、广东省唯一一所"部委省"共建高校，全国首批开设八年制本硕博连读临床医学专业的8所高校之一，全国首批卓越医生教育培养计划试点高校。
南方医科大学王牌专业国家级特色专业：临床医学、生物医学工程、护理学、预防医学、中医学、医学检验、医学影像学
广东名牌专业：临床医学、护理学、中医学、生物医学工程、医学影像学、中药学
国家重点学科：人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、 中西医结合临床
国家重点（培育）学科：病理学与病理生理学、外科学（骨外）
国家中医药管理局重点学科：中医内科肾病学、中药制剂学、中医内科脑病学、中药药理学、中医痹病学
广东省重点学科：神经生物学、人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、内科学、影像医学与核医学、外科学、肿瘤学、军事预防医学、军事预防医学、药理学