一般认为氢离子和质子没有区别，失去电子的氢离子就是一个裸露的质子。氢的核素氕形成的阳离子可以看作质子。但另外两种核素氘和氚形成的阳离子则不能看作质子，只能叫做氢离子。
质子相关应用
物理中质子常被用来在加速器中加速到近光速后用来与其它粒子碰撞。这样的试验为研究原子核结构提供了极其重要的数据。慢速的质子也可能被原子核吸收用来制造人造同位素或人造元素。
共振技术使用质子的自旋来测试分子的结构。
水中的氢离子绝大多数都是水合质子。质子在化学和生物化学中起非常大的作用，根据酸碱质子理论，可以在水溶液中提供质子的物质一般被称为酸，可以在水溶液中吸收质子的物质一般被称为碱。