化学式是用元素符号表示纯净物组成及原子个数的式子。分子式是用元素符号表示纯净物（单质、化合物）分子的组成及相对分子质量的化学组成式。
1、式子不同
化学式：化学式是用元素符号表示纯净物组成及原子个数的式子。
分子式：分子式是用元素符号表示纯净物（单质、化合物）分子的组成及相对分子质量的化学组成式。
2、构成不同
化学式：纯净物都有一定的组成，都可用一个相应的化学式来表示其组成（每种纯净物质的组成是固定不变的，所以表示每种物质组成的化学式只有一个）。有些化学式还能表示这种物质的分子构成，这种化学式也叫作分子式。化学式仅表示纯净物，混合物没有化学式。
分子式：有些物质确实由分子构成，在分子内原子间以共价键联结，而分子间以范德华力或氢键联结，这些物质就具有分子式。如氧分子用O₂表示，氯化氢分子用HCl表示。
分子式不仅表示了物质的组成，更重要的，它能表示物质的一个分子及其成分、组成（分子中各元素原子的数目、分子量和各成分元素的重量比）。
3、包含不同
化学式：化学式包含分子式，分子式是用元素符号表示纯净物（单质、化合物）的分子的组成及相对分子质量的化学式。而化学式是用元素符号表示物质组成的式子。
分子式：通常情况下，分子晶体有分子式，离子晶体、原子晶体和金属没有分子式。分子晶体的化学式叫做分子式。