被子植物是有果皮包被的，例如我们常吃的苹果、水蜜桃等。裸子植物的表面是裸露的，没有果皮包被，例如银杉、水杉等。
种子植物中可以分为两类，即被子植物和裸子植物。这两类植物的共同特征是都具有种子这一构造，但这两类植物又有许多重要区别。
其中最主要的区别是被子植物的种子生在果实里面，除了当果实成熟后裂开时，它的种子是不外露的，如苹果、大豆即被子植物。裸子植物则不同，它没有果实这一构造。它的种子仅仅被一鳞片覆盖起来，决不会把种子紧密地包被起来。
在马尾松的枝条上，会结出许多红棕色尖卵形的松球，当仔细观察时，会看到它是由许多木质鳞片所形成，它们之间相互覆盖。
如果把鳞片剥开，可以看到在每一鳞片下覆盖住两粒有翅的种子。在有些裸子植物中，如银杏，它的种子外面，连覆盖的鳞片也不存在，种子着生在一长柄上，自始至终处于裸露状态。
概括来说，裸子植物和被子植物种子的区别如下：
裸子植物：种子裸露，没有果皮包被，种子的胚具有2至多个子，不形成果实。
被子植物：种子不裸露，包被在果皮之内，种子的胚具有1或2个子叶，要形成果实。