1、产生时间不同。实质教育论起源于古希腊，形成于17世纪，盛行于18到19世纪；而形式教育论起源于古希腊和古罗马，在中世纪受压制，形成于18世纪，兴盛于19世纪。2、思想来源不同。实质教育论的思想来源于德国的赫尔巴特和英国的斯宾塞等人；而形式教育论的主要来源于洛克和裴斯泰洛齐等人。
实质教育论和形式教育论理论思想也不同
形式教育论认为，教学的主要任务在于通过开设希腊文、拉丁文、逻辑、文法和数学等学科发展学生的智力，至于学科内容的实用意义则是无关紧要的，形式教育以官能心理学为基础；而实质教育论认为，教学的主要任务在于传授给学生对生活有用的知识，至于学生的智力则无需进行特别的培养和训练，实质教育以联想主义心理学为基础。